Esteban Harding, em 1115, decidiu enviá-lo com o seu grupo para fundar o Mosteiro de Claraval, junto à fronteira da Suíça, do qual foi nomeado abade.

Apesar da vida rigorosa imposta por Bernardo de Claraval não paravam de chegar novos candidatos a monges dispostos a segui-lo. De Claraval passaram a sair grupos de monges para fundar novas abadias, como o mosteiro de Trois-Fontaines (Chalons, 1118), Fontenay (1119), Foigny (1121), expandindo-se por outros reinos pela Alemanha, Inglaterra, Portugal e os territórios da atual Itália e Espanha. Durante o seu abaciado que durou 38 anos fundou 68 mosteiros.

Mosteiro de Alcobaça. São Bernardo defendeu uma arte e arquitectura austera e funcional, sem elementos que pudessem distrair os crentes da sua relação com Deus. O interior da Igreja de Alcobaça, como os manuscritos iluminados deste mosteiro dos séculos XII  e XIII são o melhor exemplo do espírito bernardiano.

O prestígio de Bernardo de Claraval cresceu de forma desmesurada despois da morte de Esteban Harding (1139). Nos mosteiros da Ordem defende uma estrita observância da Regra de São Bento, uma vida centrada na oração, austeridade e na produção dos bens necessários à auto-suficiência da respectiva comunidade de monges. Aspecto que D. Afonso Henriques, por  exemplo, procurou  tirar partido, na afirmação da independência de Portugal, na reconquista e no povoamento, concedendo aos monges brancos vastos territórios.

Adquiriu igualmente uma enorme influência junto da Santa Sé, nomeadamente nas suas disputas internas. Em consequência da morte do papa Honorio II (1139), por exemplo, dois papas disputaram a cadeira de Pedro: Anacleto II (cardenal Pietro Pierleoni, ?-1138) e Inocêncio II (Gregório Papareschi, 1081-1143), apoiado por Bernardo de Claraval. A sua intervenção junto dos reis de França, Inglaterra e o Imperador Alemão foi decisiva para a confirmação como papa de Inocêncio II.

Um antigo monge de Claraval, o papa Eugenio III (1080-1153), pediu-lhe inclusive para definir o papel e a função dos papas, o que Bernardo fez em três volumes...

Intervém inclusive em matérias de fé, como ocorreu nas controvérsias de Pedro Abelardo. Recusando outras fontes para a religião cristã que não fossem a Biblia e a tradição da Igreja, atacou de forma violenta Pedro Abelardo (1079-1142) que pretendia conciliar Razão e Fé (Historia Calamitatum,1132). Numa carta a Inocêncio II (Contra errores Petri Abaelardi, 1139), afirmou que só a fé devia ser aceite, tornando-se um dos fundadores da mística medieval.

Defensor de uma igreja militante e guerreira, leva-o a apoiar os templários. Hugo de Payens, fundador de los Templários, em 1127, solicitou ao Papa Honorio II o reconhecimento da organização. Bernardo de Claraval não só deu apoio a este objectivo, mas também redigiu a primeira Regra dos templários. Em 1130 escreveu  Elogio à Nova Milícia.